En mis muchos años de experiencia no he visto sanciones por el tema del 347. Otra cosa, es que haya grandes incongruencias.
Es decir, que tu declares la venta de un cliente tuyo por valor de 340.000 euros y el declare 4.000 euros. Aquí probablemente tendrías un problema.

si el problema es (por ejemplo) que con un cliente, tu declaras 4.125 € y luego te das cuenta de que la cifra buena es de 4.350 €. Mejor no hacer nada.

Particularmente, en el modelo 347 es uno de los poco modelos (por no decir el único) que no pierdo mucho el tiempo. Son muchas cifras y puede que alguno no cuadre simplemente porque una factura tu la contabilizas en 2010 y tu cliente (o proveedor) la contabiliza en 2011 (o al revés). Por tanto, en ese caso nunca cuadraréis el modelo 347.

un saludo