Tienen toda la razón.
Salvo que los servicios prestados se encuentren relacionados con la actividad de alquiler, se tratan de sectores diferenciados de la actividad ( art 9.1.c LIVA)
La única prorrata sería para los gastos comunes a las dos actividades
Totalmente de acuerdo con Juan. En tu caso no hay regla de prorrata general que valga. El IVA siempre lo paga el "último" de la cadena, normalmente el consumidor. En este caso, al estar el alquiler de viviendas exento de IVA, te ha tocado.
Yo tuve un caso bastante inusual. En una empresa promotora vendimos un buen número de pisos de obra nueva a una congregación religiosa, ... que lo destinó a tales fines y consiguó un certificado de exención de IVA por parte de la AEAT. Tuvimos que escriturar sin IVA, no pudimos incrementar el precio de venta ya que al firmar el contrato de compra venda el apoderado no cayó en el tema, y la AEAT nos pilló. Por suerte no nos puso sanción. Pero de eso hace ya mas de 10 años.