Te lo miro, pero si no han cambiado las cosas (y creo que si) si la sociedad está o tiene actividad en España y el servicio se realiza en España se debe , obviamente, facturar con IVA de forma totalmente normal (como si fuera una persona jurídica nacional), pero.. - y esto último no sé si es lo que ha cambiado - si esa Empresa a la que le has prestado un servicio no está domicialada en España te debe facilitar el VAT (número de identificación fiscal europeo) y en tu caso presentar, que sí es obligatorio desde 2010, el modelo 349 por prestación de servicios aunque no haya habido entrega de bienes. Desconozco se es con carácter puntual sino operas habitualmente fuera de ESpaña o con empresas intracomunitarias.  Para evitar la doble imposición sí se que con Portugal e Italia deben presentarse unos documentos en la agencia Tributaria (con vomumen facturado) que una vez sellados debes emitir una copia a tu cliente para que él lo presente en su agencia tributaria nacional.

Saludos