La hipoteca que versa sobre el local no tiene repercusión por este asunto, salvo que fuera vuestra vivienda habitual y entonces habría que estudiar el caso completo para ver como quedaría la deducción si tuvieséis derecho a la misma.
Este negocio jurídico se trata de una compra-venta de un inmueble entre particulares, por lo que para el vendedor, tu en este caso, supone una ganancia o perdida patrimonial [(P.Venta -gastos de venta) - ( P. Compra + gastos de compra)]. Si no quieres tener problemas deberás calcular el precio de venta conforme a las tablas de tu CC.AA y dividirlo entre dos.
Esta C-V supone una transmsión patrimonial onerosa, por lo que el adquirente (tu pareja) deberá liquidar el modelo TPO de tu CC.AA, generalmente el 7% sobre el valor de adquisción.

Espero haberte ayudado
Saludos,