Pues entiendo que deberias emitir esta factura bajo tu anterior denominación de empresario autónomo e incluirla en tus datos de actividad económica del 2011 ( enero-junio )a declarar en renta.Por lo que respecta al IVA a liquidar en el mod. 303, ya que en los actuales momentos ya no constas como alta de autónomo, podrias ingresarlo en una declaración complementaria.
En caso de que al cliente le fuese indiferente recibir su factura bajo una u otra denominación de empresa, y si tampoco tuviera impedimento en una fecha actual, entonces si que podrias emitirla con tu actual denominación, como si el servicio se hubiera prestado ahora.
En cualquier caso, el hecho de emitir ahora formal factura, por una operativa inicialmente no legalizada , va a repercutirte fiscalmente.